Чабрец садовый — траву используют при простудных заболеваниях, бронхите, кашле, болях в желудке, заболевании почек, печени, сердца, нервных расстройствах, при обмороках, а также болезнях, связанных с нарушением обмена веществ. Наружно применяют в качестве ранозаживляющего, а также как болеутоляющее при радикулитах и невралгиях. Используют чабрец при воспалении десен и слизистой оболочки полости рта, настоем травы моют голову при перхоти и головной боли.
Чабрец садовый не рекомендуется употреблять при резко выраженном кардиосклерозе, атеросклерозе сосудов головного мозга, мерцательной аритмии, предынфарктном состоянии, болезни печени и почек, язвенной болезни желудка и двенадцатиперстной кишки, беременности, непереносимости препаратов растения.